朱元璋统一全国后，采纳刘基建议，立军卫法，在全国建立卫所，控扼要害。中央设大都督府。洪武十三年（1380）改为五军(即中、左、右、前、后军)都督府，为最高军事机关，掌管全国卫所军籍。征讨、镇戍、训练等则听命于兵部。遇有战事，兵部奉皇帝旨意调军，任命领兵官，发给印信，率领从卫所调发的军队出征。战争结束，领兵官缴印于朝，官军各回卫所。这种统军权与调军权分离和将不专军、军不私将的制度，旨在保证皇帝对全国军队的控制。在地方，设都指挥使司（简称都司），置指挥使，为地方统兵长官。都司之下，在冲要地区的府（含直辖州）、县（州）置卫或设所。一般卫由卫指挥使率领，辖5个千户所，共5600人；千户所由千户率领，辖10个百户所，共1120人，百户所由百户带领，辖2个总旗，共112人；总旗辖5个小旗，共50人；小旗10人。洪武二十六年（1393），定全国都司、卫所，共设都司17个、行都司3个、留守司1个、内外卫329个、守御千户所65个。兵额最多时达270余万人。
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